Il borgo è posto sul versante di un colle alla sinistra del fiume Era. Del comune di origine longobarda, abbiamo notizie certe durante i secoli centrali del Medioevo.
Già fortificato nel XIII secolo divenne possedimento della famiglia Della Gherardesca., che successivamente dovette cedere parte del castello ai vescovi di Lucca. Capannoli riuscì a costruirsi come comune libero, solo qualche anno più tardi con l'egemonia della Repubblica di Pisa.
Nel XIII e XIV secolo vi ebbero signoria i Gambacorti e la repubblica pisana; nel 1406 passò a Firenze.
Tra gli edifici da visitare, la bellissima Villa Comunale in stile tardobarocco, il parco botanico annesso alla villa, il Santuario della Santissima Annunziata di origine tardo-gotica, ristrutturata in stile barocco, il Museo Zoologico, la Villa dei Conti Gotti-Lega, la Villa della Torre e il campanile di San Pietro sorto dalla ristrutturazione della vecchia torre di guardia del castello.
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